دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی غیردولتی-غیرانتفاعی بهعنوان یکی از زیرنظامهای آموزش عالی ایران، با آسیبهای مختلفی مواجهاند که عملکرد آنها را تحت تأثیر قرار داده است. جهت شناسایی این آسیبها در این تحقیق از شیوه پیمایش و ابزار پرسشنامه استفاده شده است. جامعه آماری تحقیق شامل رؤسای اینگونه مؤسسات در سراسر کشور است که با استفاده از نمونهگیری تصادفی طبقهای، 201 نفر از آنها بهعنوان نمونه انتخاب شدند. یافتههای تحقیق حاکی از آن است که مؤسسات غیرانتفاعی در امور علمی و پژوهشی با آسیبهایی نظیر توجه صرف به انتقال علم و نپرداختن به تولید آن، ضعف پژوهش و مشکل در برگزاری همایشهای علمی رو به رو است. همچنین در حوزه آموزش نیز آسیبهایی از قبیل خالی ماندن ظرفیت پذیرش، همسان بودن رشتههای موجود در مؤسسات همجوار، نداشتن امکان حضور در برخی از حوزهها، ضعف در برقراری ارتباط با بخشهای بهکارگیرندهی فارغالتحصیلان و ناکافی بودن اعضای هیأت علمی وجود دارد. ضمناً این مراکز در زمینه امور مالی نیز با آسیبهایی از قبیل وابستگی مالی به درآمدهای حاصل از شهریه دریافتی از دانشجویان، فقدان وحدت رویه، نارسایی معیشتی و رفاهی اعضای هیأت علمی و سایر کارکنان و احتمال بروز مشکلات مالی مواجهاند.